2010 m. Nacionalinėje mokėjimo agentūroje prie Žemės ūkio ministerijos (NMA) įdiegta Kokybės vadybos sistema (KVS), kuri yra sertifikuota ir atitinka LST EN ISO 9001:2015 standarto reikalavimus. 2022 m. birželio mėnesį NMA KVS sertifikuota pakartotinai. Antrojo NMA KVS priežiūros audito metu, kuris įvyko 2024 m. birželio mėn., neatitikčių nenustatyta. Priežiūros audito metu įvardinti šie teigiami NMA KVS aspektai:
NMA KVS padeda nuosekliai siekti organizacijos strateginių tikslų, gerinti teikiamų paslaugų kokybę, tobulinti taikomus veiklos metodus, gerinti vykdomos veiklos rezultatyvumą ir efektyvumą. NMA KVS politika orientuota į nuolatinį veiklos gerinimą, siekiant patenkinti klientų lūkesčius ir reikalavimus. Susipažinti su NMA Kokybės, Aplinkos apsaugos ir Informacijos saugumo politika galite paspaudę šią nuorodą.
2015 m. NMA įdiegta rizikų valdymo sistema, atitinkanti ISO 31000 standarto nuostatas, padeda užtikrinti tinkamą rizikų identifikavimą, analizę, įvertinimą, tvarkymą ir efektyvų valdymą. Rizikų valdymas padeda siekti NMA strateginių tikslų ir didinti vykdomos veiklos efektyvumą. Rizikų valdymas taikomas visiems NMA veiklos procesams ir apima visas NMA vykdomas funkcijas, visus darbuotojus, visų tipų informaciją (žodinę, rašytinę ir pan.), informacines sistemas (išteklius), patalpas, įrenginius bei trečiųjų šalių teikiamas paslaugas.