Istorija

1999 - 2014 m.

• NMA įsteigta 1999 m. lapkričio 11 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 1266 „Dėl Nacionalinės mokėjimo agentūros prie Žemės ūkio ministerijos įsteigimo”.
• Pagrindinis NMA tikslas veiklos pradžioje buvo SAPARD paramos administravimas. Teisę savarankiškai administruoti šią paramą Europos Komisija suteikė 2001 m. lapkričio 26 d. Pirmieji paraiškų rinkimai prasidėjo 2001 m. gruodį, o pirmoji paramos teikimo sutartis pasirašyta 2002 m. sausį su Šiaulių rajono ŽŪKB ,,Raupaičių ūkis“.
• 2004 m. Lietuvai įsiliejus į Europos Sąjungos erdvę, prasidėjo naujas NMA veiklos etapas – Europos Sąjungos bendrosios žemės ūkio politikos priemonių administravimas. Pradėta administruoti parama pagal Kaimo plėtros 2004–2006 m. plano, Lietuvos 2004–2006 m. bendrojo programavimo dokumento Kaimo plėtros ir žuvininkystės prioriteto priemones. Nuo 2004 m. taikoma ir vienkartinės tiesioginės išmokos už plotus schema.
• 2007 m. prasidėjo finansinis 2007–2013 m. laikotarpis. Kartu pradėta įgyvendinti ir naująją Lietuvos kaimo plėtros 2007–2013 m. programą. Pagal šią programą iš viso skirta 2,28 mlrd. Eur paramos.
• 2008 m. gruodžio 31 d. baigta mokėti paramą iš Kaimo plėtros 2004–2006 m. planui skirtų lėšų, o 2009 m. birželio 30 d. baigta mokėti Lietuvos 2004–2006 metų bendrojo programavimo dokumento IV prioritetui skirtą paramą.
• 2009 m. gegužės 5 d. NMA išduotas sertifikatas, patvirtinantis NMA informacijos saugumo valdymo sistemos atitiktį standarto ISO/IEC 27001:2005 reikalavimams.
• 2010 m. NMA įdiegta Kokybės vadybos sistema, paremta LST EN ISO 9001:2008 standartu. Kokybės vadybos sistema taikoma administruojant valstybės pagalbos ir Europos Sąjungos paramos žemės ūkiui, kaimo plėtrai ir žuvininkystei lėšas, atliekant jų mokėjimo ir kontrolės funkcijas. Ši sistema padeda nuolat gerinti teikiamų paslaugų kokybę, tobulinti taikomus veiklos metodus, taip gerinant vykdomos veiklos rezultatyvumą ir efektyvumą.
• 2012 m. NMA pelnė Nacionalinį kokybės prizą stambių įmonių kategorijoje. Nacionalinio kokybės prizo konkursą organizuoja Lietuvos Respublikos ūkio ministerija ir Kokybės taryba.
• 2013 m. NMA skirtas Europos žinių prizas. Europos žinių prizu įvertinamos Europos Sąjungos institucijų pastangos padėti savo darbuotojams tobulinti ir gilinti profesines žinias.
• 2014 m. pabaigoje, remiantis LST EN ISO 14001:2005 standartu, įdiegta Aplinkos apsaugos vadybos sistema, kuriai vėliau pritaikyti pokyčiai pagal ISO 14001:2015 versijos reikalavimus.
• Pradedamas 2014-2020 m. finansinis laikotarpis. Jam skirta 4,63 mlrd. Eur.

2015 m.

• 2015 m. gruodžio 31 d. sėkmingai baigta įgyvendinti Lietuvos kaimo plėtros 2007–2013 m. programa. Visos programai skirtos lėšos – 2,286 mlrd. Eur – pasiekė Lietuvos kaimą.
• NMA įdiegta rizikų valdymo sistema, atitinkanti ISO 31000:2009 standarto nuostatas, padeda užtikrinti tinkamą rizikų identifikavimą, analizę, įvertinimą, tvarkymą ir efektyvų valdymą.
• NMA ISVS (informacijos saugumo valdymo sistemos) sertifikuota pagal naujausią standarto ISO/IEC 27001:2013 versiją.

2017 m.

• NMA pirmoji valstybinė įstaiga, įdarbinusi robotą. Robis NeMigA – tai programinė įranga, galinti dirbti kitų programinių įrangų ir aplikacijų aplinkose, apdorojanti itin didelės apimties duomenis ir atliekanti periodinius, pasikartojančius veiksmus ar žingsnius.
• VšĮ „Versli Lietuva“ organizuotame apdovanojimų renginyje  „Institucijų apdovanojimai“ buvo išskirtos institucijos, kurios per praėjusius metus labiausiai patobulėjo naudodamosi el. paslaugomis, įvardintos versliausios savivaldybės, atsakingiausios, aktyviausios ir komunikabiliausios institucijos. NMA paskelbta proaktyviausia institucija.
• NMA, kaip viena iš aktyviausių ir išradingiausių Europos atliekų mažinimo savaitės renginių dalyvių, apdovanota Aplinkos ministro padėka.

2018 m. 

• Sukurta mobilioji programa „NMA Agro", kuri NMA klientams bei visuomenei suteiks galimybę patogiai ir operatyviai pateikti informaciją apie faktinę deklaruotų laukų būklę vietoje tiek plotinių, tiek ir investicinių priemonių atvejais.
• 2018 metų pradžioje NMA, siekdama sumažinti kontroliuojančių institucijų apsilankymų skaičių ūkiuose, bendradarbiaudama su Valstybine maisto ir veterinarijos tarnyba, optimizavo atrankos ūkių patikroms mechanizmą. Tai padarius, ženkliai – net 3,5 tūkst. sumažėjo VMVT atliekamų patikrų ūkininkų ūkiuose, o institucijos daugiau dėmesio galėjo skyrė rizikingiems pareiškėjams.

2019 m. 

• „NMA agro“ mobilioji programa sulaukė pripažinimo konkurse „Naujasis knygnešys 2019“. Šis konkursas – nacionalinė Lietuvos atranka į vieną didžiausių pasaulyje, Jungtinių Tautų globojamą skaitmeninių inovacijų konkursą „World Summit Awards“. Mobili programa „NMA agro“ nominuota kategorijoje „Aplinka ir žalioji energija“ užėmė antrąją vietą.
• NMA įdiegtas mobiliųjų įrenginių valdymo sprendimas (MDM), padėsiantis išvengti nepageidaujamų informacijos ir kibernetinio saugumo įvykių, mažinti mobiliųjų įrenginių keliamas grėsmes, užtikrinti tinkamą informacijos ir kibernetinės saugos politikos įgyvendinimą.

2020 m. 

• NMA Agro pagalba apie įvykdytas veiklas ar ištaisytus neatitikimus jau buvo galima informuoti ir kitas institucijas – VšĮ „Ekoagros“, VMVT, Valstybinę augalininkystės tarnybą (VAT).
• NMA nuotoliniu būdu patikrino didžiausią skaičių ūkininkų per visą patikrų istoriją – 97,6 proc. (2019 m. – 96 proc., 2018 m. – 93 proc., 2017 m. – 84 proc., 2016 m. – 53 proc.).

2021 m. 

• „NMA agro“ mobilioji programa buvo įvertinta ir Europoje ir Centrinėje Azijoje - Jungtinių tautų organizacijos Tarptautinės telekomunikacijų sąjungos kartu su Jungtinių Tautų Maisto ir žemės ūkio organizacija surengtame konkurse „Skaitmeninis meistriškumas Europos ir Centrinės Azijos žemės ūkyje“ mobilioji programa „NMA agro“ buvo pripažinta kaip viena iš keturių geriausių kategorijoje „Teisinis reguliavimas / Geresnis patekimas į rinką / Finansinės paslaugos ir draudimas“. Konkurse dalyvavo beveik 200 šalių, o 28 projektai pateko į finalą, kuriame varžėsi 7 kategorijose.
• Automatinė laukų nuolatinio stebėjimo sistema (ALNSIS) – naujas monitoringo įrankis. Sukurti algoritmai, kurie iš palydovinių duomenų leidžia nustatyti pasėlį, t. y. ar iš tikrųjų auginamas toks pasėlis, kuris buvo deklaruotas. ALNSIS sugeba nuotoliniu būdu nustatyti 20 pagrindinių Lietuvoje auginamų pasėlių. Taip pat leidžia nustatyti žemės dangą, pūdymų įdirbimą, ar pievos buvo šienautos, suartos, ar žemė apleista, ar derlius nuimtas, ar žolė išdegusi, užlieta ir kitus atvejus.

2022 m. 

•  NMA įgyvendino pokyčius, kad klientai paraiškas, mokėjimo prašymus ir ataskaitas teiktų tik elektroniniu būdu. 
• Automatinė laukų nuotolinio stebėjimo informacinė sistema (ALNSIS) – naujas laukų stebėsenos įrankis nuo 2022 m. pradėtas naudoti visoje Lietuvos teritorijoje. ALNSIS leido 2022 m. sutaupyti 1 mln. Eur NMA išlaidų, anksčiau skirtų fizinei kontrolei, o ūkininkams išmokėti papildomai 2 mln. Eur užkirtus kelią nesąžiningiems pareiškėjams.
• Informacija klientams pradėta teikti į pagalbą pasitelkus dirbtinį intelektą. Aktualiausia informacija apie NMA administruojamą paramą pradėta teikti naudojant robotus konsultantus – tai dar vienas NMA būdas, kiek galima labiau padėti NMA klientams lengviau, patogiau ir greičiau naudotis mūsų paslaugomis.

2023 m. 

• 2023 m. lapkričio mėn. Fortunatas Dirginčius pradėjo eiti NMA direktoriaus pareigas. 

NMA struktūrą sudaro: direktorius, direktoriaus pavaduotojas, 10 departamentų, 3 nepriklausomi skyriai ir 10 padalinių dešimtyje skirtingų Lietuvos miestų.